Stefano Boeri pratica attività di ricerca e progettazione in architettura e urbanistica a livello internazionale.
Dal 1999 al 2008 dirige a Milano Boeri Studio in partnership con Gianandrea Barreca e Giovanni La Varra. Nel 2009 fonda Stefano Boeri Architetti, in partnership dal 2011 con Michele Brunello.
I suoi lavori vengono esposti a livello internazionale presso la Biennale di Venezia, Nederlands Instituut Architectuur, IFA Institut Français d'Architecture in Paris, Arc-en-Rêve Centre d'Architecture Bordeaux, Boeri ha sviluppato importanti progetti di riqualificazione di fronte-mare a livello europeo, tra i quali i porti di Marsiglia, Genova, Salonicco, Mitilene, Napoli, Trieste, La Maddalena.
Ha realizzato considerevoli interventi di riqualificazione urbana (Milano, Roma, Mosca, Pechino, San Paolo, Qingdao, Marsiglia, Astana, Venezia, Bolzano, Doha).